ระหว่างการดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานครนั้น ได้เกิดเหตุการณ์ 6 ตุลาคม พ.ศ. 2519 ขึ้น โดยที่นายธรรมนูญมีอีกสถานะหนึ่งเป็นผู้นำลูกเสือชาวบ้านพระนคร ในเวลา 17.00 น. พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้รับสั่งให้นายธรรมนูญ ผู้ว่าการกรุงเทพมหานครเข้าเฝ้าฯ มีรับสั่งเกี่ยวกับการที่มีลูกเสือชาวบ้านจากต่างจังหวัดนับหมื่นคนมาชุมนุม มีรับสั่งให้นายธรรมนูญชี้แจงให้ลูกเสือชาวบ้านสลายตัว ต่อมาสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชสยามมงกุฏราชกุมาร ได้เสด็จพร้อมกับนายธรรมนูญ มายังที่ชุมนุมลูกเสือชาวบ้าน และมีพระราชดำรัสให้ลูกเสือชาวบ้านสลายการชุมนุม ซึ่งหนังสือพิมพ์ดาวสยาม ได้นำพระราชดำรัสสมเด็จพระบรมฯดังกล่าวมาตีพิมพ์

ความว่า

ข้าพเจ้าขอให้ทุกคนยิ้มแย้มและใจเย็นๆ ไม่มีอะไรที่แก้ไขไม่ได้ แต่ต้องค่อยแก้ค่อยไป บ้านเมืองตอนนี้กำลังต้องการความสามัคคีและกำลังอยู่ในสถานการณ์ที่สำคัญ ฉะนั้นขอให้ทุกคนสลายตัวเสีย ถือว่าให้ของขวัญกับข้าพเจ้า ท่านเหนื่อยกันมามากแล้ว ขอให้กลับไปหลับนอนเสียให้สบาย ทุกคนโปรดทราบว่า สองล้นเกล้าฯทรงเป็นห่วง ไม่มีอะไรที่สองล้นเกล้าฯจะเสียใจเท่ากับพวกเราฆ่ากันเอง ขอให้ทุกคนโชคดี

นายธรรมนูญ ไม่ได้ดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานครจนครบวาระ 4 ปี เนื่องจากหลังการรัฐประหาร 6 ตุลาคม พ.ศ. 2519 นายธานินทร์ กรัยวิเชียร นายกรัฐมนตรีในขณะนั้น พิจารณาว่าเกิดความขัดแย้งอย่างรุนแรงทั้งในฝ่ายบริหารและฝ่ายนิติบัญญัติ จนไม่สามารถปฏิบัติงานได้ และตัดสินใจใช้อำนาจตามมาตรา 21 ของ รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2519 ปลดนายธรรมนูญออกจากตำแหน่ง เมื่อวันที่ 29 เมษายน พ.ศ. 2520 และให้กลับไปใช้รูปแบบการแต่งตั้งผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานครเช่นเดิม หลังเหตุการณ์ปลดนายธรรมนูญจากตำแหน่ง กรุงเทพมหานครไม่มีการเลือกตั้งผู้ว่าราชการอีกเลยเป็นเวลา 8 ปี โดยมีผู้ว่าราชการจากการแต่งตั้งอีก 4 คน จนกระทั่งเมื่อวันที่ 18 กรกฎาคม พ.ศ. 2528 สภาผู้แทนราษฎรได้ลงมติให้ความเห็นชอบ พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2528 กำหนดให้ ผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร มาจากการเลือกตั้งอีกครั้งหนึ่ง ทำให้เกิดการเลือกตั้งผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานครครั้งที่ 2 ขึ้นในปี พ.ศ. 2528 และ พล.ต.จำลอง ศรีเมือง ในนาม "กลุ่มรวมพลัง" ได้รับเลือกตั้งเป็น ผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร [6]